W części zachodniej portu znajduje się Kanał Portowy stanowiący główny akwen portowy, z którego statki mogą wchodzić do basenów portowych nr IV, V, VI i VII po lewej stronie licząc od wejścia do portu, oraz basenów VIII i IX po stronie prawej. Zakończeniem Kanału Portowego jest akwen z nabrzeżami Helskim I, Helskim II, Bułgarskim, Puckim
Podjęta w końcu 2009 r. przebudowa kanału obejmowała: prace czerpalne w obrębie całego Kanału Portowego od wejścia głównego do portu (główki falochronu), poprzez obrotnice 1, 2 i 3, do Nabrzeża Helskiego I oraz obszaru Basenu III. Wykonano wówczas zabezpieczenie konstrukcji nabrzeży na długości niemal 2,5 km. Kanał Portowy został pogłębiony do 13,5 m na całej długości czyli 5,3 km.
Literatura: Analiza nawigacyjna określająca możliwość wykonania przeładunków offshore z wykorzystaniem jednostek typu jack-up przy nabrzeżach Helskie I i Bułgarskim w Porcie Gdynia wraz z operacjami wejścia/wyjścia do Portu oraz manewrów wewnątrz Portu, Zarząd Morskiego Portu Gdy6nia S.A., Gdańsk 2021.
