Po trzech latach od przeprowadzonej komercjalizacji Morski Port Handlowy Gdynia S.A. zdecydował się na przekształcenie w strukturę holdingową
Pomiędzy 1994 a 1997 rokiem powstało w porcie 10 spółek eksploatacyjnych i pomocniczych. Aportem wniesionym przez Morski Port Handlowy S.A. będących jedynym udziałowcem do powstałych w tym okresie spółek z ograniczoną odpowiedzialnością była suprastruktura oraz wkład pieniężny. Natomiast port został ich jedynym udziałowcem. W tym czasie (1996 r.) Morski Port Handlowy S.A. zmienił nazwę na Port Gdynia Holding S.A. Następnie w ramach prowadzonej restrukturyzacji, nastąpiła sprzedaż udziałów powołanych spółek inwestorom. Taka polityka miała umożliwić publiczny charakter świadczonych usług. Miała też umożliwić rozwój inwestycyjny wspomnianych spółek.
Literatura: Janusz Dąbrowski, Proces kształtowania systemu zarządzania portami morskimi w Polsce,[w:] Porty morskie i żegluga w systemach transportowych, Uniwersytet Gdański Instytut Transportu i Handlu Morskiego, Gdańsk 2014.